Final Fantasy IX đã bán được hơn 2,65 triệu bản tại Nhật Bản vào cuối năm 2000, khiến nó trở thành trò chơi bán chạy thứ hai trong năm tại đây. Mặc dù là game bán chạy nhất ở Nhật Bản[33] và Mỹ[34] tại thời điểm đó, Final Fantasy IX không bán chạy như Final Fantasy VII hay Final Fantasy VIII ở Nhật Bản[35] hay Hoa Kỳ[36]. Năm 2001, trò chơi đã nhận được chứng nhận "Vàng" từ Verband der Unterhaltungssoftware Deutschland (VUD),[37] với doanh số ít nhất 100.000 bản trên khắp nước Đức, Áo và Thụy Sĩ.[38] Tính đến ngày 31 tháng 3 năm 2003, Final Fantasy IX đã bán được 5,30 triệu bản trên toàn thế giới.[39] Trò chơi được bình chọn là trò chơi hay thứ 24 mọi thời đại bởi độc giả của tạp chí Famitsu của Nhật Bản.[40] Phiên bản PlayStation gốc đã bán được hơn 5,5 triệu bản vào tháng 3 năm 2016.[41][42][43]

Final Fantasy IX đã được phát hành để được hoan nghênh cả ở Nhật Bản và Mỹ. Trên trang tổng hợp đánh giá Metacritic, nó đã đạt được số điểm 94/100, điểm số cao nhất cho một game Final Fantasy trên trang web. Trên GameRankings, nó đã nhận được số điểm 93%, cao thứ hai trong số các game Final Fantasy, sau Final Fantasy VI cho Super NES.

Francesca Reyes đã xem xét phiên bản PlayStation của trò chơi cho Thế hệ tiếp theo, đánh giá năm sao trong số năm và tuyên bố rằng "Một sự trở lại giàu trí tưởng tượng về cội nguồn của loạt game Final Fantasy đã chạm mốc RPG."[44]

Trên các đánh giá, lời khen đã được dành cho các yếu tố đồ họa và hoài cổ. Các nhà phê bình đã chỉ ra sức mạnh của trò chơi trong cách chơi, phát triển nhân vật và thể hiện hình ảnh. GameSpot lưu ý rằng cơ chế học kỹ năng dễ dàng nắm bắt và hệ thống kỹ năng không phức tạp như trong Final Fantasy VII hay Final Fantasy VIII.[7] Mỗi nhân vật sở hữu những khả năng riêng biệt, cản trở sự phát triển của một nhân vật quá mức. GameSpot mô tả hệ thống chiến đấu có bản chất chiến thuật và lưu ý rằng nhóm mở rộng cho phép tương tác nhiều hơn giữa người chơi và giữa kẻ thù.[7] Tuy nhiên, IGN không thích tốc độ chiến đấu kéo dài và các trận chiến lặp đi lặp lại, mô tả nó là "nhàm chán", và RPGFan cảm thấy hệ thống Trance không hiệu quả vì việc tích tụ mét chậm và không thể đoán trước và các nhân vật đã Trance ngay sau khi kẻ thù bị giết.[6][45]

Các nhân vật và đồ họa nhận được đánh giá tích cực. Mặc dù IGN cảm thấy rằng những đặc điểm nhân vật sâu sắc trong Final Fantasy IX thường có thể được tìm thấy trong các game Final Fantasy khác, nhưng nó vẫn thấy các nhân vật rất hấp dẫn và đồng cảm.[6] GameSpot tìm thấy ở các nhân vật, tùy theo lời thoại và đặc điểm của họ, gây cười và đầy hài hước.[7] IGN cũng lưu ý rằng hệ thống ATE giúp mở rộng sự hiểu biết của người chơi về tính cách của các nhân vật khi họ đặt câu hỏi cho nhiều ý tưởng và cảm xúc.[6] Quái vật với đủ ngoại hình, kích cỡ được thiết kế khá chi tiết. Họ đã dành lời khen ngợi cho các hình nền được dựng sẵn, chú ý đến sự quan tâm cẩn thận dành cho tác phẩm, chuyển động hoạt hình và tương tác nhân vật. Các bộ phim được xem là cảm xúc và hấp dẫn, và sự chuyển tiếp và kết hợp liền mạch với đồ họa trong trò chơi đã giúp cốt truyện chuyển biến tốt.[45]

Các nhà phê bình thừa nhận rằng cốt truyện tổng thể chủ yếu được xây dựng dựa trên các yếu tố được tìm thấy trong các phần Final Fantasy trước đó, chẳng hạn như các đế chế tà ác và các nhân vật phản diện bí ẩn.[45] Nhân vật phản diện chính, mặc dù được GameSpot coi là ít đe dọa nhất trong sê-ri lại được IGN xem là sự kết hợp hoàn hảo giữa "chất phản diện của Kefka" và "vẻ ngoài kiều diễm của Sephiroth".[6] Sự kết hợp cũng được thể hiện ở khía cạnh âm nhạc của trò chơi. Một số nhà phê bình, chẳng hạn như RPGFan cảm thấy rằng âm nhạc là "không nhàm chán và buồn tẻ" trong khi GamePro ca ngợi âm nhạc vì đã gợi lên "cảm xúc trong suốt câu chuyện, từ những trận chiến đau lòng đến hài kịch".[46] Một số lời chỉ trích đã được san bằng đối với nhà soạn nhạc Nobuo Uematsu, người đã sử dụng lại một số bản nhạc từ các lần lặp lại trong quá khứ của loạt game.[45] Tuy nhiên, các nhà phê bình đã đồng ý rằng điều này và nhiều yếu tố khác là một phần của nỗ lực chung nhằm tạo ra một trò chơi hoài cổ cho người hâm mộ các trò chơi Final Fantasy cũ.[6][7][45]

Hướng dẫn chiến lược cũng nhận nhiều chỉ trích; nó kêu gọi người mua đăng nhập vào một trang web trực tuyến để có được thông tin, thay vì cung cấp nó trong hướng dẫn thực tế. Các liên kết đã cho của cuốn sách không còn truy cập được trên trang web PlayOnline. Tetra Master được GameSpot chê là tệ và khó hiểu so với Triple Triad của Final Fantasy VIII, vì các quy tắc của nó chỉ được giải thích một cách mơ hồ và có rất ít phần thưởng kiếm được khi chơi.[7]